政府為健全動植物防檢疫體系,以避免國外動植物疫病害蟲等有害生物傳入國境,同時,監控國內之疫情,防治並管制國內重要疫病蟲害之發生蔓延,於民國八十七年八月一日成立本局及四個分局,十三個檢疫站,負責全國動植物防疫檢疫的門戶把關工作。