根據本局過去處理天然災害防疫工作的經驗，修訂本局八十九年編印「災害防疫應變參考手冊」，供各級衛生位防疫同仁參考使用。內容含天然災害防疫體系、因應天然災害防疫時準備工作、災害的防疫需求評估與決策、災害後防疫工作、環境衛生監視系統、疫苗冷貯因應措施等，同時也提供天然災害發生時可能用到表格及衛生教育宣導資料。