本計畫水井清查工作共清查出計畫區域之5792口水井，台南縣佳里鎮共清查3720口水井，台南縣學甲鎮共清查1242口水井，台南縣鹽水鎮共清查出830口水井；佳里鎮地下水年抽水量約3,827.7萬噸，學甲鎮地下水年抽水量約為1,595.4萬噸，鹽水鎮地下水年抽水量約為1196.1萬噸。