《霧社事件調查研究》全書內文分上、下二篇，除前言外，共有十章，分別討論霧社地區的地理環境與原住民族群、霧社地區原住民族群的歷史遭遇與處境、深堀事件與霧社地區生計大封鎖、霧社地區隘勇線前進與「五年理蕃計畫」的討伐、理蕃機關的擴充與部落遽變、德固達雅群部落集團與勢力消長、霧社事件、霧社事件的起事過程與日方的征伐、視死如歸的抗日志士和霧社事件史蹟與多元面相等。作者透過文獻史料爬梳整理、長年與當地原住民族的接觸以及田野調查，試圖站在當時抗日原住民族的角度進行書寫。期望透過本書的出版，能引發各界對原住民族歷史的關注與討論。
目次
上篇：致霧風雲—霧社事件前史
原住民族委員會主任委員序
國史館臺灣文獻館館長序
作者序
前言
第一章 霧社地區的地理環境與原住民族群
第一節、霧社地區的地理環境
第二節、霧社地區的原住民族群與族群關係
第三節、賽德克族的部落社會組織
第四節、賽德克族的gaya/waya
第五節、出草馘首與紋面
第二章 霧社地區原住民族群的歷史遭遇與處境
第一節 埔里盆地為綏靖要地
第二節 理蕃設施的建立
第三章 深堀事件與霧社地區生計大封鎖
第一節 深堀事件
第二節 霧社地區生計大封鎖
第三節 姊妹原誘殺慘案（霧社蕃膺懲事件）
第四節 德固達雅群生計窘蹙
第五節 人止關之役
第四章 霧社地區隘勇線前進與「五年理蕃計畫」的討伐
第一節 清治時期的隘制與日本人的改革
第二節 霧社地區隘勇線前進
第三節 隘勇線沿線族群的和解與歸順
第四節 五年理蕃計畫
第五節 霧社方面討伐行動
第六節 撤廢頭骨架及革除紋面
第五章 理蕃機關的擴充與部落遽變
第一節 佐久間總督的新理蕃政策方針
第二節 新的理蕃前進基地
第三節 警察機關的設置
第四節 佛教教化與蕃童教育
第五節 城市觀光與日本內地觀光
第六節 日本人與泛泰雅族的政略婚姻
第七節 理蕃道路的興建
第六章 德固達雅群部落集團與勢力消長
第一節 德固達雅群的部落
第二節 德固達雅群的部落集團
與日本人婚姻網絡
第三節 德固達雅群部落集團的消長
第四節 持續不斷的抗日密謀與行動
下篇：霧社事件
第七章 霧社事件
第一節 模範蕃地
第二節 抗日六部落
第三節 爆發霧社事件的原因
第八章 霧社事件的起事過程與日方的征伐
第一節 霧社事件的起事過程
第二節 襲擊霧社街區
第三節 日本當局的出兵與征伐
第四節 日方戰鬥經過概要
第五節 日方的「以夷制夷」戰術
第六節 霧社事件的重要戰役
第七節 據守馬赫坡岩窟
第九章 視死如歸的抗日志士
第一節 堅持gaya 義理寧死不屈的抗日族人
第二節 花岡一郎與花岡二郎的忠孝難全
第三節 莫那．魯道及其家族的結局
第四節 「保護蕃」收容所
第五節 「保護蕃收容所」襲擊事件
（第二次霧社事件）
第六節 強制移居川中島
第七節 藉「歸順式」之名行「屠殺」之實
第八節 莫那．魯道遺骸的發現
第十章 霧社事件史蹟與多元面相
第一節 日治時期霧社事件史蹟
第二節 二次世戰後霧社事件史蹟
第三節 霧社事件的多元面相
第四節 霧社事件紀念日
第五節 賽德克族不同社群對霧社事件
紀念日的看法
第六節 賽德克族正名與埋石儀式
附 件
附件一：霧社地區重要歷史年表
附件二、凡例：賽德克語書寫系統
附件三、本書有關族群、社群、部落、專有名詞
漢譯對照表
附件四、本書相關人物之族名及漢譯一覽表
附件五、參考文獻（以姓氏筆畫排列）
附件六、里程換算表
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